Modifier le microbiote intestinal pour soulager les symptômes du syndrome de l’intestin irritable (SII) : voilà une piste thérapeutique qui suscite beaucoup d’espoir depuis plusieurs années. Mais une nouvelle étude, publiée en septembre 2026 dans la prestigieuse revue scientifique The Lancet, vient remettre en question l’efficacité de la transplantation fécale.
Et ses résultats nous rappellent une chose importante : dans le SII, tout ne se résume pas au microbiote intestinal.
La transplantation fécale : une piste prometteuse pour traiter le SII
Le microbiote intestinal est constitué de milliers de milliards de micro-organismes qui vivent dans notre intestin et participent notamment à la digestion, au fonctionnement du système immunitaire et aux interactions entre l’intestin et le cerveau.
Des recherches ont montré que certaines personnes souffrant du syndrome de l’intestin irritable présentent des différences dans la composition ou le fonctionnement de leur microbiote.
D’où cette idée : et si remplacer un microbiote supposé déséquilibré par celui d’une personne en bonne santé permettait de soulager les symptômes ?
C’est le principe de la transplantation de microbiote fécal (TMF), qui consiste à transférer les micro-organismes présents dans les selles d’un donneur sain vers l’intestin d’un receveur.
Cette technique a déjà démontré son efficacité dans certaines situations, notamment pour prévenir les récidives d’infections au Clostridium difficile.
Mais dans le syndrome de l’intestin irritable, les premières études avaient obtenu des résultats contradictoires.
Une nouvelle étude portant sur 450 personnes souffrant de SII
Pour mieux évaluer l’efficacité de cette approche, des chercheurs norvégiens ont mené un grand essai clinique, appelé REFIT2, dont les résultats ont été publiés le 24 septembre 2026 dans The Lancet.
L’étude a inclus 450 adultes souffrant d’un SII modéré à sévère, répartis aléatoirement en deux groupes :
Un groupe recevait une transplantation de microbiote provenant d’un donneur sain.
L’autre recevait une préparation réalisée à partir de ses propres selles, servant de traitement contrôle.
La transplantation était réalisée une seule fois, par lavement, après une préparation intestinale. Ni les participants ni les équipes chargées de leur prise en charge ne connaissaient le traitement attribué.
Trois mois plus tard, les chercheurs ont évalué l’évolution de leurs symptômes digestifs.
Des résultats décevants : pas de bénéfice significatif
Après trois mois :
40 % des personnes ayant reçu une transplantation fécale provenant d’un donneur sain présentaient une amélioration cliniquement significative de leurs symptômes.
38 % des personnes du groupe contrôle présentaient également une amélioration.
La différence entre les deux groupes n’était pas statistiquement significative.
Autrement dit, la transplantation fécale n’a pas permis de soulager davantage les symptômes du SII que le traitement contrôle.
Plus surprenant : le microbiote avait pourtant bien changé !
C’est sans doute l’un des résultats les plus intéressants de cette recherche.
Chez les personnes ayant reçu les selles d’un donneur sain, le microbiote intestinal s’était effectivement modifié pour se rapprocher de celui du donneur.
Le microbiote avait donc bien changé, sans que cela se traduise par une amélioration supplémentaire des symptômes digestifs.
Un résultat qui nous invite à réfléchir à la place du microbiote dans le syndrome de l’intestin irritable.
Mon regard : et si nous cherchions trop souvent un seul coupable ?
Tout d’abord, cette étude ne signifie absolument pas que le microbiote intestinal ne joue aucun rôle dans le syndrome de l’intestin irritable.
Elle montre simplement que, dans les conditions étudiées, modifier sa composition n’a pas suffi à améliorer davantage les symptômes.
Mais, à mon sens, elle nous rappelle surtout une chose essentielle : le SII est un trouble complexe, qui ne se résume pas à un déséquilibre du microbiote.
Sur les réseaux sociaux, nous voyons régulièrement émerger de nouvelles explications présentées comme LA cause des troubles digestifs : un microbiote déséquilibré, un SIBO (prolifération excessive de micro-organismes dans l’intestin grêle), une intolérance alimentaire…
Je comprends parfaitement cette recherche d’une explication. Lorsqu’on souffre de symptômes digestifs parfois très invalidants, il est naturel de vouloir identifier ce qui ne fonctionne pas pour enfin pouvoir agir dessus.
Mais cette quête peut aussi conduire à multiplier les examens, comme les analyses commerciales du microbiote ou les tests respiratoires pour rechercher un SIBO, dans l’espoir de trouver l’origine de tous les symptômes.
Or, identifier une anomalie ne signifie pas nécessairement qu’elle explique l’ensemble des symptômes, ni que sa correction permettra de les soulager durablement.
D’ailleurs, les analyses commerciales du microbiote n’ont pas, à ce jour, démontré une utilité suffisante pour être recommandées en routine dans le SII. Quant aux tests respiratoires du SIBO, ils peuvent avoir leur intérêt dans certaines situations, mais présentent également des limites diagnostiques.
Le syndrome de l’intestin irritable est aujourd’hui reconnu comme un trouble des interactions intestin-cerveau, dans lequel plusieurs mécanismes peuvent intervenir et s’influencer mutuellement : microbiote, hypersensibilité viscérale, motricité digestive, fonctionnement immunitaire, alimentation, stress et émotions…
Ainsi, même lorsqu’un SIBO est associé au SII, chercher à agir uniquement sur le microbiote n’est pas nécessairement suffisant.
Cela ne signifie pas qu’il faille renoncer aux traitements ciblant le microbiote lorsqu’ils sont indiqués, mais plutôt qu’il est important de ne pas négliger les autres dimensions du trouble.
La transplantation fécale pourrait-elle malgré tout avoir un avenir ?
Il serait néanmoins prématuré de considérer que toutes les stratégies de transplantation fécale sont définitivement inefficaces dans le SII.
Une piste intéressante concerne la compatibilité entre le donneur et le receveur.
Un peu comme il existe des critères de compatibilité lors des transfusions sanguines (où nous avons des compatibilités de groupe sanguin et de rhésus), certaines caractéristiques biologiques pourraient influencer la manière dont le microbiote d’un donneur s’implante et interagit avec l’organisme du receveur. Les mécanismes concernés sont toutefois très différents de ceux des transfusions.
Une étude publiée en septembre 2026 dans eBioMedicine, portant sur les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), suggère justement que les réponses immunitaires à différents microbiotes pourraient varier selon les receveurs.
Il ne s’agit pour l’instant que d’une piste expérimentale, et nous ne savons pas si une meilleure sélection des donneurs permettrait d’améliorer l’efficacité des transplantations dans le SII.
Mais cela montre que la recherche est encore loin d’avoir exploré toutes les possibilités.
Ce qu’il faut retenir
À ce jour, la transplantation fécale n’est pas recommandée comme traitement du syndrome de l’intestin irritable en dehors des essais cliniques.
Cette nouvelle étude nous rappelle surtout que modifier le microbiote intestinal ne suffit pas nécessairement à soulager les symptômes du SII.
Plutôt que de rechercher à tout prix une cause unique, il me semble essentiel de mieux comprendre les différents mécanismes qui contribuent aux symptômes de chaque personne.
C’est tout l’intérêt d’une prise en charge personnalisée, qui peut associer, selon les besoins, des approches nutritionnelles, médicales et des thérapies ciblant les interactions intestin-cerveau.
L’objectif n’est pas forcément de trouver un seul coupable, mais de trouver plusieurs leviers pour aller mieux.
Références scientifiques
Johnsen PH et al. Faecal microbiota transplantation in irritable bowel syndrome (REFIT2): a randomised, double-blind, placebo-controlled, phase 3 trial. The Lancet. 2026. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(26)01424-8
Amoroso C et al. A functional immune-based platform for donor-recipient matching in faecal microbiota transplantation for inflammatory bowel disease. eBioMedicine. 2026. https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2026.106475
Porcari S et al. International consensus statement on microbiome testing in clinical practice. The Lancet Gastroenterology & Hepatology. 2025. https://doi.org/10.1016/S2468-1253(24)00311-X
Peery AF et al. AGA Clinical Practice Guideline on Fecal Microbiota-Based Therapies for Select Gastrointestinal Diseases. Gastroenterology. 2024. https://doi.org/10.1053/j.gastro.2024.01.008